Efectivamente, el lugar de la iglesia parece haberse cimentado, según cuenta la tradición popular sobre los restos de una mezquita, emplazamiento por otro lado harto frecuente alrededor de castillos en tiempos de los musulmanes.
Esto podría quedar también ratificado por un descubrimiento arqueológico de hace un par de siglos: una piedra que contenía algunos caracteres árabes, fue encontrada en la fachada norte de la catedral y aunque en la actualidad desconozco el paradero de la inscripción, un estudioso orientalista descifró entonces el párrafo, al que atribuyó el siguiente significado:
Ben Ahmed Ismael hizo segura esta construcción, por órden de *** (supuesto en parte por ilegible).
Fue grabado cuando los paneles de granito sobre los que se inscribe estaban en la posición actual, es decir, no es una reutilización posterior, ya que a menudo se produciría este hecho con otros edificios medievales, motivados por el prestigio que la ancianidad de estas inscripciones conferiría. El resto del edificio es sin duda de construcción cristiana, similar a las construcciones contemporáneas medievales de los países latinos y se puede decir que la inscripción de piedra fue encastrada posteriormente en el muro de iglesia. Si había una mezquita en este lugar, se utilizaron sus piedras para construir probablemente la iglesia que la sustituyó.
Sólamente algunos escritores extranjeros en materia de arte, fueron capaces de ver una influencia morisca en la arquitectura de la antigua catedral.

Contrariamente, lo que sorprende a primera vista del viajero, es la similitud - podemos decir casi absoluta - entre este trabajo y otras iglesias románicas distantes como las de San Vicente de Ávila, pero esta relación se explica fácilmente, al preguntarnos: ¿En qué fecha se eleva el edificio? - La exploración arqueológica de diversas partes nos indicaría hacia los comienzos del s. XII, aunque los trabajos también pudieran haberse inciado al final del s. XI.
Son varios autores que atribuyen a Don Henrique -Conde de Portugal y padre del primer rey-, la restauración de catedrales Coimbra, Vizeu, Lamego, Porto... Pero en cuanto a lo que nos preocupa sólo de la Sé de esta ciudad, el dato es altamente cuestionable puesto que la mención parece venir de las "Memorias de la Iglisa Santa Cruz", escrito en el siglo XVI, tanto tiempo después de los acontecimientos que pretenden informar, que los mismos pueden haber sido desvirtuados notablemente.
En la revista "
Polices ecclésiastiques de l'évèché de Coïmbre (Noticias eclesiásticas del obispado de Coimbra)", que se encontró sin publicar en la biblioteca Évora, su autor -Ferreira-, hablando de don Gonçalo, sostiene que durante el servicio de este prelado, el conde don Henrique empezó a levantar la Sé de Coimbra que existe hoy en día; añade este autor, que antes de esta construcción, San Joao d'Almedina servía de catedral, como también la iglesia de St. Pablo, junto a otras notas conmemorativas de una piedra colocada en este último templo. Toda esta información se obtiene, dijo Ferreira, de una copia del catálogo de los obispos Coimbra obtenida del carlulario de la ciudad, y se mantiene en la biblioteca del conde de Vimieiro. Probablemente este catálogo no es el mismo del que menciona Pedr'Alvares Nogueira -quien disfruta de una cierta reputación-, donde se recoge que Miguel Ribeiro deduce del resultado del ataque contra los moros a Coimbra en 1117: "
ellos destruyeron muchos monumentos, y tomaron la Sé, de manera que el obispo don Gonçalo la hubo de reconstruir a su costa".
Creemos que estos catálogos son menos útiles cuando no perjudiciales para el invesrtigador; escritos en tiempos muy remotos, los eventos contienen innumerables imprecisiones como la indicada en "Memorias de Santa Cruz", donde se recoge puntualmente esta otra frase que dice así: "
El Rei Dom Alfonso Annriques deu pára feitio do claustro da See de Coimbra XXII mil dinheiros de ouro". Esto es un error evidente, puesto que el claustro de Santa Cruz es mucho más reciente que la catedral, por tanto lejos del reinado de Alfonso Henrique.
Retomando los hechos, en 1117, el año donde la catedral se habría arruinado por el ataque moro, Don Henrique (el padre de Alfonso Henrique) difícilmente podría ayudar al obispo Don Gonzalo en la reconstrucción de la iglesia lo que igualmente desmiente al autor Ferreira, puesto que Henrique murió en ese momento. Por otro lado, ¿cómo admitir que los moros habían cometido los estragos mencionados por Miguel Ribeiro en Coimbra, sin tener referencia en primer lugar a cómo se hicieron dueños de la ciudad... Pero la historia es es formal sobre este punto: sitiaron Coimbra durante veinte días; y, desesperados en su conquista, se retiraron después esparcierndo sdesolación por todas partes.
Un importante documento, descubierto por Rebello da Silva vino en agrandar la incertidumbre reinante sobre el origen de la Catedral. Este es un recordatorio de las donaciones efectuadas a la Sé por el obispo Michel, que gobernó la diócesis de Coimbra desde 1162 hasta 1176, tomada del Libro Negro.
En él se recoge cómo el obispo Michel dio para las labores enb la Sé, la suma de 500 morabitinos. También leemos la designación de un tal Bernard, quien dirigirá las obras durante diez años; un maestro Robert (quizá un escultor) quienes vinieron cuatro veces desde Lisboa para mejorar la portada de la iglesia; ootro maestro, Sueiro reemplazará al maestro Bernard, difunto, etc. De la documentación, en cuestión, se deduce que durante el tiempo en que el obispo Michel ejerce su mandato, se está trabajando en el edificio con actividad real, que se puede suponer que la obra estaba en marcha en 1160-

Un gran número de capiteles esculpidos (unos 380), la convierte en uno de los conjuntos más importantes de la escultura románica en Portugal. Los principales motivos son vegetales y geométricos y revelan las influencias árabes y prerrománicos,donde también hay parejas de cuadrúpedos (incluyendo centauros) o aves afrontadas. Prácticamente no hay representaciones humanas, y no hay escenas bíblicas. La ausencia de figuras humanas esculpidas puede ser debido al hecho de que muchos de los artistas que trabajaron en la catedral eran mozárabes, es decir, los cristianos que vivían en los territorios árabes y que se había instalado en Coimbra en el siglo XII. Estos artistas tal vez no estaban acostumbrados a las representaciones humanas, que están prohibidas en el Islam.

No queremos decir con esto que la Sé Velha sea la viva imagen de una iglesia, pero sin duda cae en el epicentro mismo de nuestro concepto del románico del noroeste. Aún sin perdernos en interminables discusiones que pudieran llevarnos a la interpretación de lo que es una iglesia románica o bizantina, o románico-bizantina siguiendo la fórmula conciliatoria, debemos afirmar que la Catedral Vieja o la Sé Velha de Coimbra, es sin lugar a ninguna duda uno de los más bellos monumentos de este estilo arquitectónico en todo el territorio portugués.